Inst. för Biokemi & Organisk kemi

Enzymologi och läkemedelsutveckling

Forsknings- och kompetensomrÅden

Forskargruppen är specialiserad på enzymer och hur kunskap om dessa kan användas för att utveckla nya läkemedel. De enzymer som studeras är alla av relevans för sjukdomar där det idag saknas effektiva läkemedel. Vi har även en unik kompetens i SPR baserad biosensorteknologi och utvecklar grundläggande metoder och teorier för hur dessa kan användas för enzymologiska studier, särskilt för applikationer inom läkemedelsområdet. Kopplingen mellan forskningen i enzymologi och om biosensorer grundas på att det krävs detaljerade studier av biomolekylära interaktioner för att utveckla nya läkemedel och för vår verksamhet fyller biosensorer en viktig roll och ger oss många typer av information som utnyttjas för att identifiera och optimera potentiella läkemedelskandidater.

Aktuella forskningsprojekt

Enzymer som mål för läkemedel

HIV-1 proteas och omvänt transkriptas
CMV proteas
HCV NS3 proteas och NS5B polymeras
Utsöndrade proteaser från Candida albicans
Matrix metalloproteinaser (MMPs)

Biosensorbaserade interaktionsstudier

Mekanistiska studier
- Samtliga enzymer som studeras i gruppen
- C-reactive protein (CRP)
Struktur-kinetiksamband
Kemodynamik
Termodynamik
Transportproteiners interaktionskinetiska egenskaper
- Serum albumin
- Alfa-1 glykoprotein (AGP)
Membranbundna enzymer
- Beta-sekretas (BACE) (involverat i Alzheimer's sjukdom)
- HCV NS5B polymeras

HCV enzymologi

HCV NS3 proteasinhibitormekanismer och struktur-aktivitetssamband
HCV NS3 proteasinhibitor resistens
HCV NS3 helikas interactioner med proteassubstrat och inhibitorer
HCV NS5B inhibition och interaktion med RNA

Microbicider för förhindrande av smittspridning av virala infektioner

NNRTIs för anti-HIV microbicider, resistensproblematik

Nanobioteknologi

Utveckling av nanoporös aluminiumoxid för bioteknologiska tillämpningar

publiKationer

2008

Hepatitis C virus NS3 protease inhibitors comprising a novel aromatic P1 moiety.

Rönn, R., Lampa, A., Peterson, S.D., Gossas, T., Åkerblom, E., Danielson, U.H., Karlén, A. and Sandström, A.

Bioorg Med Chem.; 2008; 16(6); 2955-67. DOI: 10.1016/j.bmc.2007.12.041

Identification of MMP-12 Inhibitors by Using Biosensor-Based Screening of a Fragment Library.

Nordström, H.; Gossas, T.; Hämäläinen, M.; Källblad, P.; Nyström, S.; Wallberg, H.; Danielson, U. H.

J. Med. Chem.; 2008; 51(12); 3449-3459. DOI: 10.1021/jm8000289

ß-Amino acid substitutions and structure-based CoMFA modelling of hepatitis C virus NS3 protease inhibitors.

Nurbo, J., Peterson, S.D., Dahl, G., Danielson, U.H., Karlén, A. and Sandström, A.

Bioorg Med Chem.; 2008; 16; 5590-5605. DOI: 10.1016/j.bmc.2008.04.005

2007

Mechanistic studies of electrophilic protease inhibitors of full length HCV NS3.

Poliakov, A., Sandström, A., Åkerblom, E. and Danielson, U.H.

J. Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry.; 2007; 22; 191-9.

Phenylglycine as a Novel P2 Scaffold in Hepatitis C Virus NS3 Protease Inhibitors.

Örtqvist, P., Peterson, S.D., Åkerblom, E., Gossas, T., Sabnis, Y.A., Fransson, R., Lindeberg, G., Danielson, U.H., Karlén, A. and Sandström, A.

Bioorganic & Medicinal Chemistry; 2007; 15:1448-1474.

Biomolecular Recognition of Glycosylated β3-Peptides by GalNAc Specific Lectins.

Norgren, A.S., Geitmann, M., Danielson, U.H, Arvidsson, P.I.

J. Molecular Recognition; 2007; 20; 132-138.

Evaluation of a diverse set of potential P1 carboxylic acid bioisosteres in hepatitis C virus NS3 protease inhibitors.

Robert Rönn, Thomas Gossas, Yogesh A. Sabnis, Hanna Daoud, Eva Åkerblom, U. Helena Danielson and Anja Johansson.

Bioorganic & Medicinal Chemistry; 2007; 15; 4057-4068.

Resistance profiling of HCV protease inhibitors using full-length NS3.

Dahl, G., Sandström, A., Åkerblom, E. and Danielson, U.H.

Antiviral Therapy; 2007; 12; 733-40.

Additional level of information about complex interaction between non-nucleoside inhibitor and HIV-1 reverse transcriptase using biosensor-based thermodynamic analysis.

Geitmann, M. and Danielson, U.H.

Bioorg Med Chem.; 2007; 15; 7344-54.

Effects on protease inhibition by modifying of helicase residues in hepatitis C virus non-structural protein 3.

Dahl, G., Sandström, A., Åkerblom, E. and Danielson, U.H.

The FEBS Journal, 2007; 274; 5979-5986. DOI: 10.1111/j.1742-4658.2007.06120.x

2006

Interaction kinetic characterization of HIV-1 reverse transcriptase non-nucleoside inhibitor resistance.

Geitmann M, Unge T, Danielson UH.
J Med Chem. 2006 Apr 20;49(8):2375-87.

Kinetic characterization of the interaction between HIV-1 reverse transcriptase and non-nucleoside inhibitors.

Geitmann, M., Unge, T. and Danielson, U.H.

J. Med. Chem., 2006, 49(8): 2367 - 2374.

Sensitivity analysis and error structure of progress curves.

Gutierrez, O.A. and Danielson, U.H.

Analytical Biochemistry, 2006, 358(1): 1-10.

Detection of enzyme inhibition with end point progress curve data. Gutierrez, O.A. and Danielson, U.H.

Analytical Biochemistry, 2006, 358(1): 11-19.

Characterization of Ca2+ Interactions with Matrix Metallopeptidase-12: Implications for Matrix Metallopeptidase regulation.

Gossas, T. and Danielson, U.H.

Biochemical Journal 2006, 398: 393-398.

Biosensor-based screening and characterization of HIV-1 inhibitor interactions with Sap 1, Sap 2, and Sap 3 from Candida albicans.

Backman D, Monod M, Danielson UH.
J Biomol Screen. 2006 Mar;11(2):165-75.

Exploration of acyl sulfonamides as carboxylic acid replacements in protease inhibitors of the hepatitis C virus full-length NS3.

Robert Rönn, Yogesh A. Sabnis, Thomas Gossas, Eva Åkerblom, U. Helena Danielson, Anders Hallberg and Anja Johansson.

Bioorganic & Medicinal Chemistry, 2006,14(2):544-59.

Inhibition of viral proteases by Zingiberaceae extracts, a new source for antiviral lead compounds: HIV-1 Protease inhibitors from Kaempferia parviflora.

Sookkongwaree, K., Geitmann, M., Roengsumran, S., Petsom, A. and Danielson, U.H.

Pharmazie, 2006, 61(8):717-721.

Aktuella postrar (2008)

SAMARBETSPARTNERS OCH FINANSIÄRER





Carl Tryggers Stiftelse för Vetenskaplig Forskning